class: center, middle, inverse, title-slide .title[ # Cursus SBIM en bio-informatique ] .author[ ### Laurent Gatto ] .date[ ### Wed Feb 7 17:44:47 2024 ] --- # Cours 1. Introduction à la bio-informatiqe (**WSBIM1207**) en BAC2 2. Bio-informatique (**WSBIM1322**) en BAC3 3. Omics data analysis (**WSBIM2122**) en M1 Prof: Laurent Gatto Assistant(e)s: Jean Fain, (Valentine Robaux), Margot Refuge, Julie Devis, Axelle Loriot (M1) --- # Buts #### WSBIM1207 - Vous donnez les moyens d'analyser et de visualiser des données tabulaires (i.e. écrire du code pour générer des résultats) à l'aide de l'environnement d'analyse R. - Portez un **regard critique** sur des données, votre approche analytique, et vos résultats (i.e. pouvoir les **interpréter**). #### WSBIM1322 - Appliquer les compétences ci-dessus à des données bio-médicales, en utilisant toujours R. - Comprendre comment manipuler et analyser des données biologiques plus complexes. #### WSBIM2122 - Appliquer les compétences ci-dessus à l'analyse de données de RNA-Seq et de protéomique quantitative en utilisant des packages R dédiés. --- # Mais pourquoi ?!?!?! Etudiant(e) de BAC2, 2018 - 2019 > Je n’arrive personnellement pas à percevoir « l’interet » de cette > matière dans mon futur -- ### Biomed = science expérimentale + données/(bio)info/stats -- - Voir les **préambules** (et capsules vidéo) des cours - Compétences essentielles pour des chercheurs en sciences biomédicales. - Compétence transversales dans vos études (voir les préambules). - Compétences recherchées dans l'industrie, notamment biotech et pharmaceutique (mais pas uniquement). - **Doctorant(e)s** suivent ces cours systématiquement depuis l'instauration des cours. ??? - Préambule: On regardera, ensemble, en classe, le préambule et une capsule du cours. - A refaire en fin d'année. - Demander aux doctorant(e)s d'expliquer pourquoi ils/elles sont là. --- class: middle Etudiant(e)s de BAC3, 2021-2022 > C'est vraiment cette année que j'ai vu l'intérêt de ce cours. En > effet, ça touche directement à nos études (donnée d'expressions de > protéines, RNA, gènes etc) et je suis certaine que ça me permettra > dans le futur de pouvoir visualiser mes données d'une manière > beaucoup plus claire et précise. Je suis contente d'avoir ces > compétences maintenant. <br> > Malheureusement la prise de conscience de l'importance de ce cours > s'est produit vers la fin du cours de 3e bac. Là je suis prêt à dire > que c'est même plus qu'important, que c'est le futur et que je me > sens bête car j'utilise seulement le code déjà créé par quelqu'un > donc respect à celui qui le crée. Cela suscite de plus en plus mon > attention. --- # En pratique - **Notes du cours** en ligne: - https://bit.ly/WSBIM1207 - https://bit.ly/WSBIM1322 - https://bit.ly/WSBIM2122 - Le notes de cours sont en anglais, mais les cours de Bac se donneront en français. - Cours structurés en chapitres correspondant +/- aux séances hebdomadaires. Exercices avec réponses + exercices supplémentaires (sans réponses!) - Pas de séances de théorie et de TPs séparées. Etudiant(e) de BAC2, 2018 - 2019 > Le fait que le cours soit donné en intégrant directement la pratique > fonctionne bien (le prof écrit toutes les commandes qu'il > explique). Je pense que cela nous permet à la fois de visualiser, de > comprendre et d'appliquer directement les concepts expliqués. ??? - Expliquer pourquoi on ne fournit pas les réponses. Et préciser que si ils/elles les ont, de ne pas succomber à la tentation de regarder les réponses, mais d'essayer de les trouver par elles/ils mêmes. --- # En pratique .pull-left[ ] .pull-right[ <!-- --> ] ??? 1. Vous n'êtes pas ici pour accumuler des points et réussir un examen ou accumuler des crédits - vous êtes ici pour apprendre, pour vous former! 2. En tout cas, les points, ça ne peut pas être votre but principal - ça doit être un effet secondaire de votre apprentissage. --- # En pratique .pull-left[ 1. Grades do not track learning (or anything else of importance). 2. Grading reduces student learning. 3. Only receiving feedback (and no grades) increases student learning. 4. Self-evaluation and self-reflection improve student learning. ] .pull-right[ <!-- --> ] ??? Notre rôle, c'est donc de - vous **donner ce feedback** (voir plus loin) - de créer un **environnement d'apprentissage** vous permettant de le valoriser - en prenant un **rôle actif** dans cet apprentissage. Ca vous demandra du travail! --- # En pratique .pull-left[ - Interrogations régulières ~~avec possibilité de dispense~~. Pourquoi? Comment? - **Présence** et **participation** au cours **obligatoire**. Pourquoi? Comment? (mais voir plus loin) - En cas d'absence: prévenez-moi par email (avant ou après votre absence) en décrivant ce que vous allez mettre en place pour récuérer le retard dans votre apprentissage. Pas besoin de justifier votre absence, ni de certificat médical. <!-- - **TODO**: pour ceux qui ont un mode de travail différent. --> - Interrogations et examen à **ressources ouvertes**. ] .pull-right[ <!-- --> ] ??? Interrogations non-cotées, mais corrigées: - Essayer vraiment de la faire - Correction en classe - poser des questions - Question: ou en êtes-vous dans votre apprentissage? Présence obligatoire: - Pourquoi: votre réussite - En cas d'absence: qu'allez-vous faire pour rattraper le retard? En cas d'absence... --- # En pratique: moodle - Toutes les communications et questions/réponses liées au cours se feront via **`moodle`** exclusivement: forum, annonces, interrogations, ... inscrivez-vous. - Forum: quand vous poser vos questions sur moodle, il vous est demandé de **décrire ce que vous avez déjà essayé/testé**. Et je vous donnerai des indications pour progresser. N'hésitez pas à répondre aux questions vos collègues. - Vous pouvez poser vos questions sur tous les chapitres, mêmes ceux vus *il y a longtemps*, et à n'importe quel moment (durant le quadrimestre, durant les vacances, durant le blocus, juste avant l'examen, même après l'examen). --- # En pratique: moodle Etudiant(e)s de BAC3, 2021-2022 > Le forum m'a vraiment permis d'approfondir mes connaissance. Le > professeur est tout le temps disponible pour répondre aux > questions. Il ne donne jamais la réponse, mais toujours des pistes > ce qui nous permet de réfléchir par nous même et je suis certaine > que c'est grâce à cela que j'ai fini par comprendre, et vraiment > ancrer la matière. <br> > Le forum m'a permis aussi d'échanger avec mes collègues de classe et > cela nous a permis ensemble de comprendre nos erreurs. --- # En pratique: participation active - **Interactions** entre étudiants et enseignants: posez des questions, répondez à des questions, et n'hésitez pas à vous entraider durant les résolutions de problèmes et en dehors des cours. - Il est **toujours légitime de poser une question**. Il n'y a pas de bête question. Si vous vous la posez, d'autres se la posent aussi. - Un **apprentissage actif**. Il ne vous sera pas possible de comprendre la matière en apprenant le cours par coeur. C'est la pratique qui vous permettra de la maîtriser: tentez donc les exercices et si vous n'y arrivez pas, posez des questions. - Donnez-nous un **feed-back approprié**, pour que nous puissions vous aidez en proposant d'avantages d'exercices et/ou en clarifiant des parties du cours. Ce feed-back se fera pendant les cours (questions et réponses) et en fin de session (sur les **post-its**). - Travaillez regulièrement, en particulier en participant activement au cours (cf interrogations). Inscrivez-vous aux **séances de questions/réponses individuelles** sur moodle (voir canevas). N'attendez pas la fin du cours pour vous y mettre! ??? Séances individuelles - Jeu: 8:00 - 8:30 - Mer: 11:00 - 13:00 - Ven: 14:00 - 16:00 **Délégués**: merci de vérifier/confirmer/adapter. --- # En pratique: participation active Etudiant(e)s de BAC2, 2018-2019 > Le fait que ce cours soit interactif, qu'on puisse poser des > questions et qu'il y ait plein d'exercices. <br> > L’écoute de nos commentaire, la réponse aux questions, l’explication > de la matière ??? - Il est tjs légitime de poser des questions; pas de jugement --- # En pratique: post-its Etudiant(e)s de BAC2, 2018 - 2019 > Le mécanisme des post-it nous permettant de faire des commentaires > et d'améliorer le cours dès la semaine suivante. <br> > On a souvent des nouvelles du professeur par mail dès la fin du > cours ou nous donnant des informations pour le cours suivant > (interro, améliorations,...). --- # Comment "réussir" ? <br> <br> <br> ### En maîtrisant la matière! <br> <br> <br> ### Pratiquez, pratiquez, pratiquez! --- class: top <div class="figure" style="text-align: center"> <img src="https://github.com/UCLouvain-CBIO/WSBIM1207/raw/master/figs/2019-06-corr-exam-interro.png" alt="Correlation entre les résultats des interrogations et de l'examen (WSBIM1207 2018-2019)." width="55%" /> <p class="caption">Correlation entre les résultats des interrogations et de l'examen (WSBIM1207 2018-2019).</p> </div> ??? Ça ne veut pas dire qu'il faut abandonner si vous 'rater' les premières interrogations! Les interrogations sont un outil pour vous permettre de vérifier si vous avez acquis la matière. --- class: center middle inverse # NEW: Travailler le cours de chez soi! --- ### Notre but est que vous _travailliez le cours_ et, à la fin du quadrimèstre, _maîtrisiez la matière_, ce qui est bien évidemment possible (_pour certains_) sans venir au cours! Notes de cours complètes, partage du code écrit pendant les cours, enregistrement des cours, questions/réponses sur moodle, séances individuelles, ... ... --- ### Notre but est que vous _travailliez le cours_ et, à la fin du quadrimèstre, _maîtrisiez la matière_, ce qui est bien évidemment possible (_pour certains_) sans venir au cours! Notes de cours complètes, partage du code écrit pendant les cours, enregistrement des cours, questions/réponses sur moodle, séances individuelles, ... - Pour quel type d'étudiant est-ce que cette approche convient le mieux? Est-ce que ça vous correspond? - Réunions individuelles **obligatoires** au moins toutes les 2 semaines (les jeudis, pendant le cours): présentez-nous les avancées dans votre travail personnel et posez vos questions. - Deux formules, un même objectif. **Même quantité de travail, engagement différent**. -- Inscription par email - Expliquez pourquoi cette formule vous convient mieux et confirmer que vous allez travailler chez vous. - Maximum de 20 étudiant(e)s. ??? - Donner des exemples de motivation --- class: middle ### Qu'est-ce qui convient le mieux à votre travail et votre réussite? | | Je préfère ... | Questions et interrogations | Séances individuelles | |---------------:|----------------------------------------------------------------------------------------------|----------------------------------------------------------------------------------------------------------|---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------| | **En classe** | Je préfère bénéficier de l'élan du groupe et de l'équipe pédagogique et du cours en direct. | J'ai les réponses à mes question directement. Je fais les interrogations et leurs corrections en classe. | Je réserve des séances individuelles quand je veux. | | **A domicile** | Je préfère travailler au calme, chez moi, en utilisant les resources mises à ma disposition. | Je pose mes question sur moodle et fait les interrogations de manière asynchrone. | Je m'engage à réserver des séances individuelles au moins toutes les 2 semaines. Et si ça ne va pas, je n'abandonnerai pas et reviendrai suivre le cours en direct. | --- class: center middle inverse # Questions? ??? Ont-ils/elles des questions? --- # Questions - Déroulement des apprentissages? - Déroulement des évaluations, formative et certificative? - Développer mes compétences techniques et scientifiques! - Qu'est-ce qu'on attend de moi? - De quoi avez-vous besoin pour maîtriser la matière? - De quoi avez-vous besoin pour réussir le cours? - Il est possible de travailler le cours à l'UCLouvain ou chez soi! ??? Questions qu'ils/elles devraient poser!